C’est le champ magnétique qui est à l’origine des taches dans la photosphère, et des régions actives dans l’atmosphère solaire.
Comme aux pôles de la Terre, un champ magnétique est présent aux pôles du Soleil et avec une intensité très proche. Cependant, dans certaines régions de l’atmosphère solaire, des champs magnétiques 5000 fois plus grands sont présents. Ces régions ont une température plus faible que les régions voisines sur le Soleil et en conséquence apparaissent sur une image du disque solaire comme des taches sombres. Ce sont les "taches solaires".
Le champ magnétique se manifeste sous la forme de petits aimants parallèles à l’équateur. Les taches représentent de fortes concentrations de champ magnétique, mais les facules montrent son étendue. À l’aide d’un magnétographe, on peut connaître la polarité des taches, des facules et l’intensité du champ.